Diagnosticul de intoxicație cu mercur este dificil de pus; testele nu sunt foarte utile în intoxicația cronică, având în vedere că mercurul nu se mai regăsește în sânge, urină, firul de păr, fiind depus în organe unde continuă să producă deteriorări ale celulelor din țesuturi.

Ca urmare, o bună identificare și evaluare a simptomelor luând în considerare și alte boli care pot coexista, identificarea surselor potențiale de expunere la mercur pe parcursul vieții și în prezent, efectuarea mai multor teste directe și indirecte care să identifice efectele mercurului asupra proceselor fiziologice și asupra metabolismului organismului, precum și inițierea tratamentului cu agenți chelatori cu accentuarea simptomelor specifice intoxicației cu mercur în cazul în care aceasta există, toate aceste informații, consolidate, evaluate și interpretate în contextul medical, conduc la diagnosticul de intoxicație cu mercur.